В путеводителе XIX века о церкви святого Иоанна Предтечи в Рощенье мы читаем: «Иоанно-Предтеченская Рощенская приходская церковь находится в первой части г. Вологды, на юго-восточном углу обширной площади, на которой возвышаются, кроме ея, еще три церкви: Спасообыденная Всеградская, Николаевская и Афанасиевская. Называется Иоанно-Предтеченскою по главному престолу холоднаго храма во имя Усекновения главы Крестителя Господня, «Рощенскою» или «что в Рощенье» именуется от местности, на которой находится, называвшейся в старину «Рощеньем» (возможно, от бывшей тут рощи). Последним названием она отличается от другой Иоанно-Предтеченской приходской же г. Вологды церкви, находящейся на левом берегу реки и пишущейся «что в Дюдикове пустыне».
Первое упоминание об этом храме датируется не ранее 1618 г. Но, скорее всего, по предположению, основание храма относится ко времени царствования Иоанна Грозного. Из «окладных» книг XVII века мы узнаем, что первоначально Иоанно-Предтеченская церковь представляла собой ансамбль деревянных построек: церковь св. Иоанна Предтечи, церковь святителя Алексия, митрополита Московского и колокольня. По старинному административному делению церквей г. Вологды Иоанно-Предтеченская Рощенская церковь числилась во Владимирской «трети» и принадлежала к числу лучших церквей города. В приходе числилось 77 дворов.
О внушительности церковных строений прихода можно судить по челобитной вологодскому архиепископу Гавриилу, датируемой 1618 годом, где церковь именуется монастырем. В это время как раз сгорает зимняя церковь святителя Алексия, митрополита Московского. Летнюю Иоанно-Предтеченскую церковь удалось отстоять, а колокольню пришлось срубить во избежание дальнейшего распространения пожара. «И как та колокольня упала, и в то число чуть не убило главой бывшаго твоего архиерейскаго подьяка Никитку Христофорова. А из церкви Божии святыя иконы и книги и ризы и всякую церковную утварь вынесли все в целости. А которые, государь, около монастыря дворы, и те дворы отстояли, только кровли и верхи сломали».
Каменную церковь заложили 23 мая 1710 г. (ст. ст.), о чем сохранилась надпись в простенке между окнами у левого клироса. «Во славу святыя, единосущныя, животворящия и нераздельныя Троицы, Отца и Сына и Святаго Духа, зачата бысть сия святая церковь каменным строением, тщанием и радением сея церкви всех приходских людей, во имя святаго славнаго Пророка и Предтечи и Крестителя Господня Иоанна и иже во святых отца нашего Алексия Митрополита Московскаго и всея России Чудотворца, на память преподобнаго отца нашего Михаила, епископа Синадскаго и обретения честных мощей иже во святых отца нашего Леонтия, епископа, Ростовскаго, чудотворца, лета 1710, Маия 23 дня». В 1717 году летний храм внутри был расписан фресками, по всей видимости, ярославскими мастерами. Фрески сохранились и по сей день.
Кроме вышеперечисленных престолов в храме еще имеется придел, посвященный святителю Иннокентию, епископу Иркутскому. Сооружен он был в 1832 году. Известный вологодский купец Свешников, находившийся по торговым делам в Иркутске, возвращался в Вологду вместе с женой и грудным младенцем. По дороге они выронили из повозки младенца, стояла морозная зимняя ночь. Прибыв на станцию, Свешниковы обнаружили пропажу, стали горячо молиться святителю Иннокентию Иркутскому и дали обещание устроить в своей приходской церкви придел в честь святого. Возвратясь на прежнюю станцию, с которой они перед тем выехали, они нашли своего младенца живым и невредимым. Свешниковы узнали, что младенца на станцию доставил какой-то проезжий.
Кроме удивительных и бесценных фресок храм наполняли уникальная церковная утварь и многие святыни. Так, например, в церкви имелся «Воздвизальный крест» – серебряный, золоченый, в котором было до 260 святынь. Сооружен он был на средства гражданина г. Вологды, посадского человека И. И. Смурова. Имелось 6 напрестольных Евангелий, а в библиотеке – до 100 наименований книг (на период 60-х гг. XIX века).
Благотворили храму знаменитые вологодские фамилии – Свешниковы, Леденцовы, Мешинниковы, которые заботились и об украшении храма, и о расширении его территории. В 1860 г. на средства И. Мешинникова был расширен придел святителя Иннокентия Иркутского. Иждивением В.А. Леденцова в 1865 г. колокольня была надстроена и стала значительно выше.
В архивах Вологодской духовной консистории сохранились сведения о настоятелях Иоанно-Предтеческого храма в Рощенье, начиная с 1737 года. Последний настоятель – протоиерей Михаил Подъяков. Храм закрыли в 1924 г. Известно, что в нем располагался архив ЗАГСа, склад кинофикации (вероятно, потому, что храм находился недалеко от кинотеатра имени Горького – поруганного Спасо-Всеградского собора), в храме продавали билеты на детские аттракционы.
Храм святого Иоанна Предтечи в Рощенье был передан Вологодской епархии в 2006 году. В день празднования Рождества Иоанна Предтечи 7 июля 2006 г. был отслужен первый молебен, который возглавил архиепископ Вологодский и Великоустюжский Максимилиан. В день Усекновения честной главы Иоанна Предтечи 11 сентября 2006 г. была совершена первая Божественная Литургия.
Текст составлен иерем Андреем Исаевым.
За 8 лет в храме сменилось три настоятеля. Первым был иерей Андрей Исаев, с 2011 г. руководил приходом иерей Сергий Ермолаев.За время служения настоятелем иерея Сергия в храме произошли большие преобразования. Были вставлены окна с подоконниками, проведено газовое отопление и убраны печки-буржуйки, которыми отапливался храм прежде, была проведена пожарная сигнализация и водоснабжение, сделаны резные аналоя под каждую икону одинаковые и отреставрировано несколько икон (Божией Матери, преподобного Серафима Саровского и другие). Была налажена жизнь прихода: по вторникам в девять часов утра проводились беседа с работниками храма, а по воскресеньям с молодежью. Храм из прихода преобразился в общину, где к каждому празднику готовили храм всем миром. Многие пришли в храм зная доброту и отзывчивость отца Сергия, который для каждого старался уделить немного времени.
10 ноября 2014 Указом правящего Архиерея за № 542 настоятелем назначен иерей Димитрий Ефимовский.